Visium CytAssist空間的遺伝子・タンパク質発現アッセイは、Visium CytAssistで処理されたFFPEサンプルについて、遺伝子発現とタンパク質発現の両方を同時に解析するように設計されています。このアッセイは、全トランスクリプトームおよび形態学的画像の取得に加えて、NGSを使用してオリゴタグ付抗体の存在量を空間分解能で測定します。

Visium CytAssist遺伝子・タンパク質発現ソリューションでは、ヒト免疫細胞プロファイリングパネル内でタンパク質の相対的な発現パターンを検討できます。スペクトルの重なりや抗体の宿主動物種に関する制限は一般に、組織中で同時に研究できるタンパク質の数に制限をもたらします。タンパク質発現データをNGSリードで検出することによって、こういった課題を克服できます。さらに、通常はRNAとしての発現量が少ない免疫タンパク質マーカーも検出可能です。

このパネルにはAbcam社およびBiolegend社の抗体35種を採用しており、また、細胞表面および細胞内の標的タンパク質が含まれています。含まれる抗体のリストについては、サポートサイトの「抗体リスト」または本FAQの付録をご参照ください。

10x Genomicsではデータの解析に役立つ2種類のソフトウェアを提供しています。Space RangerとLoupe Browserです。Space Rangerは、組織画像に空間的な遺伝子発現情報を自動で重ね合わせ、類似の転写プロファイルを持つスポットのクラスターを特定する解析ソフトウェアです。さらに、画像化ソフトウェアであるLoupe Browserを使用することで、結果をインタラクティブに探索できます。Space RangerとLoupe Browserは10x Genomicsのサポートページから無料でダウンロードしていただけます。

はい。標準的なIFと、Visiumで使用されるIFプロトコールでは重要な違いがいくつかあります。詳細についてはIF染色プロトコール（FFPE | 新鮮凍結組織）をご参照ください。

Visiumアッセイは感度が高いため、Visiumの性能への影響は組織ごとに異なります。しかし、遺伝子発現の空間的な構成や細胞クラスターの検出はHEとIFで同程度です。