組織全体を途切れなくカバーすることで、シングルセルスケールの全トランスクリプトーム遺伝子発現解析を実現
業界をリードするVisium CytAssistによる転写産物の移動により、最高品質の空間トランスクリプトームデータを取得
新鮮凍結、固定凍結、およびFFPEサンプル(アーカイブされたブロックや事前に切片化されたスライドを含む)から、強力なデータを生成
H&EおよびIF染色されたサンプルと同じ組織切片から高分解能の空間トランスクリプトーム解析
シングルセルスケールの解像度を可能にする次世代スライドの構造
Visium HD 空間的遺伝子発現スライドには、6.5 x 6.5 mmのキャプチャーエリアが2つ搭載されています。各キャプチャーエリアには、数百万もの2 x 2 µmの正方形が並んでおり、それぞれユニークなバーコード付きのオリゴヌクレオチドが連続的に配置されています。これによりシングルセルスケールの空間分解能が実現します。データは2µm正方形の単位、および複数のビンサイズで出力されます。視覚化と下流解析には、8 x 8 µmビンを使用することを推奨しています。
- スライドガラス上の組織から標準的な組織学的手法に従って薄切、染色、画像を取得
- 事前にスクリーニングをかけて最も見たい重要な組織切片を決定
- 最適化を必要とせず、多様なFFPE、新鮮凍結、および固定凍結組織を探索
組織学的データと遺伝子発現データをシームレスに組み合わせた使いやすい視覚化ソフトウェア
遺伝子発現クラスターを組織情報と一緒に探索
何千もの遺伝子発現をH&EまたはIF画像にマッピング
近傍領域の遺伝子シグネチャーを特定
確かな結果
ビデオ
参考資料
Visium HD enables spatial discovery in FFPE human breast cancer at single-cell scale
Visium HD enables spatial discovery in FFPE human breast cancer at single-cell scale
Poster, 10x Genomics
Poster, 10x Genomics
Grant application resources for Visium Spatial products
Grant application resources for Visium Spatial products
Grant Application Resources, 10x Genomics
Grant Application Resources, 10x Genomics
Whole transcriptome spatial discovery at the resolution you need
Whole transcriptome spatial discovery at the resolution you need
Flyer, 10x Genomics
Flyer, 10x Genomics
よくある質問
Visium HD 空間的遺伝子発現スライドには、6.5 x 6.5 mmのキャプチャーエリアが2つ搭載されています。各キャプチャーエリアには、数百万もの2 x 2 µmの正方形が並んでおり、それぞれユニークなバーコード付きのオリゴヌクレオチドが連続的に配置されています。これによりシングルセルスケールの空間分解能が実現します。
Visium HDは、ヒトおよびマウスの新鮮凍結、固定凍結、そしてホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)されたmRNAを含む組織切片に対応しています。これには、アーカイブされたFFPEブロックや、事前に切片化されたガラススライド上の組織も含まれます。
Visium HD 空間的遺伝子発現は、形態学的情報のためのヘマトキシリン・エオジン(H&E)染色と、タンパク質の共検出のための免疫蛍光(IF)染色に対応しています。
10x Genomicsではデータ解析に役立つ2種類のソフトウェア( Space Ranger と Loupe Browser )を提供しています。Space Ranger は、空間的な遺伝子発現情報を組織画像に自動的に重ね合わせ、類似した転写プロファイルを持つバーコード付きの正方形のクラスターを特定する解析ソフトウェアです。その後、視覚化ソフトウェアであるLoupe Browserを使用して、結果をインタラクティブに探索します。Space RangerとLoupe Browserは10x Genomics Supportサイトから無料でダウンロードできます。
Visium空間的プラットフォーム
バイアスのない全トランスクリプトームプロファイルに空間的な情報を加えるVisiumは、研究者が細胞の同定、機能、相互作用、組織構造内の位置関係をマッピングできるように設計されています。