单细胞数据分析的路线图
即使没有生物信息学家帮忙，我们的软件工具也能帮助您轻松实现单细胞数据的处理、可视化和探索。
Cell Ranger分析流程
将原始序列转化为单细胞见解
Cell Ranger是一套免费的分析流程，可以处理Chromium单细胞分析的数据。
使用Cell Ranger比对读数，生成细胞-特征矩阵，开展聚类分析和二次分析
Cell Ranger可以处理原始测序数据，开展质控，识别细胞条形码，并在单细胞水平上定量基因表达水平。
Loupe Browser
Loupe Browser能够以10种方式挖掘数据
Loupe Browser是一款适用于Windows和MacOS系统的桌面应用程序，能够实现交互式的数据可视化。
1
无需写代码，Loupe帮助您深入开展Seurat分析
LoupeR是一个R软件包，可以从Seurat对象中创建Loupe Browser文件。有了LoupeR，无需命令行数据处理即可在Loupe中无缝探索Seurat数据。
2
从经处理的样本和对照样本比较的实验中寻找差异表达的基因
轻松开展并迭代进行多样本比较。
3
对感兴趣基因的表达进行快速可视化
4
轻松绘制出差异表达的结果图
交互式探索差异表达基因的热图和小提琴图。
5
轻松注释细胞类型
从头开始定义或完善现有的细胞类型。
6
快速生成交互式的差异表达分析
7
重新分析数据子集，寻找新的细胞类型
将范围缩小到感兴趣的细胞类型上，或过滤掉低质量的数据。
8
点几下鼠标即可创建高分辨率图像
Loupe Browser可以轻松生成SVG和PNG格式的图像，以便在PPT或论文中共享。
9
利用高级过滤功能表征细胞
采用布尔运算符创建一组自定义的规则，将目标锁定在特定的条形码组合。
10
探索多个数据模态，包括单细胞V(D)J、ATAC和空间基因表达
Loupe Browser支持10x Genomics全套单细胞和空间数据集分析。
约90万个人类非小细胞肺癌细胞和癌旁正常细胞的聚合数据
物种
人类
组织
肺
细胞数量
897,733
使用的分析
阿尔茨海默病小鼠模型 – 一侧半球的大脑冠状切片的时间进程分析
物种
小鼠
组织
大脑
细胞数量
33,459
使用的分析