すべての「何」に「どこ」を見出す
組織サンプルにおける細胞とその位置の関係は疾患病理を理解する上で重要です。空間的遺伝子発現解析（トランスクリプトミクス）は画期的なテクノロジーで、組織サンプルにおけるい遺伝子活性を測定し、その活動がどこで発生しているのかをマップすることができます。この技術は既に新しい発見を生み出しており、研究者による生物学プロセスと疾患の理解に役立っています。
空間キャプチャー技術により空間的発見を促進
空間キャプチャー技術は、空間的にバーコード化された、mRNA結合オリゴヌクレオチドを使用することで、Visium 空間的プラットフォームを可能にします。mRNA分子が空間バーコードを取得する方法には2つの方法があります。
新鮮な凍結組織では、組織を固定して浸透させることにより、放出されたRNAは隣接するキャプチャープローブに結合し、遺伝子の発現情報を取得します。
FFPE組織では、組織を透過させることでライゲーションされたプローブペアをスライド上に放出し、隣接するキャプチャーオリゴに結合することで発現情報を取得します。タンパク質をコードする各遺伝子に特異的なプローブのペアは、その遺伝子ターゲットにハイブリダイズした後、互いにライゲーションされます。その後プローブペアを伸長して、空間バーコード付きの相補鎖を組み込みながら、シーケンスライブラリーを作成します。
組織微小環境における状況を遺伝子発現で探索
空間的遺伝子発現テクノロジーの革新は、研究者に包括的かつ形態学的な細胞の理解をもたらしました。この発表では、10x Genomicsのサイエンティストが画期的なテクノロジーの改良とユーザーによる素晴らしいアプリケーションを学べます。
組織微小環境における包括的な遺伝子とタンパク質の発現を理解
Versican promotes T helper 17 cytotoxic inflammation and impedes oligodendrocyte precursor cell remyelination
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Ghorbani S, et al. Nature Communications 2022.
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Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer
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Qi J, et al. Nature Communications 2022.
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Spatial transcriptomics of dorsal root ganglia identifies molecular signatures of human nociceptors
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Tavares-Ferreira D, et al. Science Translational Medicine 2022.
Tavares-Ferreira D, et al. Science Translational Medicine 2022.
技術ハイライト
視覚化コントロール
組織画像の下にあるスライダーを使って、組織画像と遺伝子発現データをどのように視覚化し、組み合わせるかを調整。色は発現量の異なる遺伝子によって特定されたクラスターを表す
遺伝子の特定
表の中の遺伝子名の上にポインタを置くと、その遺伝子の発現に応じて組織画像のスポットが色づけされる。また、表中の値の上にポインタを置くと、特定の遺伝子の発現を個々のクラスターのスポットで強調して観察することができる
遺伝子発現を超えて
染色画像上にトランスクリプトームとタンパク質のデータを重ね合わせ、これまでにないレベルで組織微小環境を理解します。空間的な情報と共に、新たな細胞タイプ、状況、バイオマーカーを明らかにします。
すぐに使えるソリューション
サンプル（ヒト、マウス、ラットなど）を超えて多様なサンプルタイプに互換性があり、洗練されたワークフローで組織切片からシーケンスライブラリーまで1日で実行できます。
標準的なツール
現在組織解析用にラボで使っている手法やツールと統合できます。免疫蛍光染色とイメージングを組み合わせ、空間的な状況にマルチオミックスの特徴づけを行いましょう。
合理化されたデータ解析
Space Ranger解析ソフトウェアでデータを処理し、Loupe Browser視覚化ソフトウェアデ結果をインタラクティブに見ることで、遺伝子およびタンパク質の発現不均一性を解析し、理解できます。