Vsium 空間解析は、どのアッセイを使用するかにより、さまざまな組織や動物種に対応します。新鮮凍結組織に対応するVisium空間遺伝子発現解析はポリ(A)ベースのキャプチャケミストリーを使用していることから、動物種にとらわれません。CytAssistを使ったVisium空間遺伝子発現解析は、ヒトまたはマウスサンプルの新鮮凍結、既固定凍結、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織切片について解析を行えるプローブベースのアッセイです。Visium HDが現在対応しているのはヒトまたはマウスのFFPE組織ですが、今後は対応サンプルの範囲を他の組織条件にも拡張することを予定しています。

Xenium In Situは現在、ヒトまたはマウスの新鮮凍結またはFFPE組織に対応しています。他の動物種についてはフルカスタムパネルをご利用いただけます。

10x Genomicsのサポートサイトで、Visium HD組織調製法（および他のVisiumアッセイへのリンク）やXenium組織調製法に関する関連文書もご覧いただけます。

VisiumアッセイもXeniumアッセイも、さまざまな種類の組織について検証済みの汎用サンプル調製ワークフローで最適化されています。しかし、固定し包埋するサンプルの調製プロセスは組織によって異なることがあります。Visium 空間解析とXenium In Situの両方がインプットサンプルとしてFFPEサンプルに対応しています。通常、FFPEサンプルを調製する際には、組織の構造を維持しRNA分解を制限するために、組織の切り出しから固定までの時間を最小限に抑えることをお勧めします。新鮮サンプルは慎重に扱うこと、固定前に最適な保存条件を整えることに特に注意してください。また、VisiumまたはXeniumでFFPE組織を用いた実験を開始する前に、FFPEブロックのRNA品質を検査することをお勧めします。詳細と推奨事項については、10x Genomicsのナレッジベースの記事をご覧ください。.

VisiumもXeniumもH&E染色に対応しており、画像ベースの組織形態画像情報が得られます。免疫蛍光染色にも対応しており、タンパク質発現画像情報を一定のプレックスレベルまで得られます。

また、Xenium In Situ マルチモダール細胞セグメンテーションは、自動細胞セグメンテーションへのインプットサンプルを染色するマルチ組織染色ミックスで、細胞膜や細胞内部をラベリングする抗体染色のほか、DAPI核染色も行えます。この染色ワークフローを用いてXeniumのランを実行すると、トランスクリプトームデータの形態マッピングをより正確に行えます。

VisiumでもXeniumでも同じ組織切片でタンパク質解析を行えるため、空間マルチオミックスを実現できます。ただし、プラットフォームごとにプロセスが異なります。

Visium HDを含むすべてのVisiumアッセイに、ランの前に組織切片のH&E染色または免疫蛍光（IF）染色を行うオプションがあります。したがって、IF染色でタンパク質検出を同時に行え、下流で空間的遺伝子発現データと重ね合わせた蛍光顕微鏡画像を得ることができます。さらに、CytAssistを使ったVisium空間遺伝子発現とタンパク質解析キットを使用するオプションがあり、キュレーション済み、検証済みの抗体コンテンツパネルを使用して単一の組織切片でタンパク質とRNAの両方を検出できます。

Xeniumでは、ワークフローの最後でH&E染色とIF染色を行えます。

VisiumはSpace RangerとLoupe Browseという2種類のソフトウェアでデータの解析をサポートします。Space Rangerは空間的遺伝子発現情報を組織画像と自動的に重ね合わせ、類似した転写プロファイルを示すバーコードのクラスターを同定する解析ソフトウェアです。次に視覚化ソフトウェアLoupe Browserが結果をインタラクティブに探索します。10x GenomicsのサポートサイトでSpace RangerとLoupe Browserを無料でダウンロードできます。

Visium 空間解析の詳細はこちら

Xenium Analyzeはラン中にデータを自動的に処理するオンボード解析を行うことから、ラン後処理のために何時間も待つ必要はありません。その後、直観的な視覚化ソフトウェアXenium Explorerがin situデータをナビゲートします。

Xenium In Situ解析の詳細はこちら

また、10x Genomicsの空間データアウトプットは、継続的に開発が行われている他社のツールと互換性を持つように設計されています。