ヒト乳腺腫瘍の探索

これは、Xeniumの開発モデルから得られたXenium In Situデータのプレビューです。

Xenium Analyzerの改良モデルで得られた新たなデータは、www.10xgenomics.com/datasetsから取得できます。

*このデータセットは解析パイプラインの中の新たなバージョンを使用して処理したため、解析結果はプレプリントとわずかに異なることがあります。

Xeniumで細胞種の不均一性を探索し、同じ切片をHEで染色して確認

Xeniumはヒト乳腺の主要な細胞種を同定します。2つの例で示すように、腫瘍サブタイプの不均一性および腫瘍上皮細胞周囲の微小環境を研究するためには空間情報が必要です。Xeniumのラン後に取得するH&E染色データは、転写産物情報を解釈し検証する際に役立ちます。

Xeniumでは、社内トレーニングモデルを使用してDAPI画像で核を区分します。Xenium解析ソフトウェアにより、通常とは違う形の核の区分も正確に行えます。核からの拡大された細胞エリアに対して転写産物のマッピングを行います。

Xeniumの出力を一般に使用されているシングルセルデータ解析ソフトウェアで解析し、クラスターのアノテーションや発現変動遺伝子の同定を行えます。

ERBB2（HER2）陽性、 ESR1（ER）陽性、PGR（PR）陰性乳腺腫瘍に分類されるものに稀に含まれるトリプル陽性細胞（3種類のホルモン受容体のすべてを発現している細胞）を、Xeniumで発見します。