Chromium 单细胞ATAC

逐个细胞地揭示表观基因组景观

Chromium单细胞ATAC(染色质转座酶可接近性分析)可以帮助您在单细胞水平上分析染色质开放性,获得细胞类型和状态的信息,并深入了解基因调控机制。

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单细胞ATAC

Resources:

  • 检测染色质开放性

    分析每个细胞全基因组范围内数千个独特的开放染色质片段。

  • 单细胞分辨率

    超越群体的平均数信息,获得单个细胞核的表观基因组图谱。

  • 灵活且可扩展

    每张芯片可分析数百个至数千个细胞核。

  • 简化的数据分析

    通过易用的软件探索和查看染色质开放性图谱。

  • 为期一天的实验室流程

    在一天之内完成从样品到可测序文库的过程。

  • 兼容不同的样本

    经验证适用于细胞系、原代细胞以及新鲜和冷冻组织样本。

探索您的应用

  • 定义细胞类型和细胞状态

  • 鉴定主要的调控因子

  • 探索顺式调控元件,如启动子和增强子

  • 描绘基因调控网络

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文献

Developmental and evolutionary dynamics of cis-regulatory elements in mouse cerebellar cells

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Science. 2021, Sarropoulos I, et al.

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Cell-type specialization is encoded by specific chromatin topologies

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Nature. 2021, Winick-Ng W, et al.

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Single-cell analyses reveal key immune cell subsets associated with response to PD-L1 blockade in triple-negative breast cancer

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Cancer Cell. 2021, Zhang Y, et al.

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资源

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Is single cell epigenomics right for me? ATAC-ing your research questions for deeper insights

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10x Genomics Blog

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Deciphering Epigenetic Regulation with Single Cell ATAC-Seq

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Application Note, 10x Genomics

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Single Cell ATAC-Seq for Characterization of Complex Biological Systems

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Application Note, 10x Genomics

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完整的解决方案

基于Next GEM技术的Chromium仪器

我们可扩展的仪器

Chromium单细胞ATAC试剂

利用我们试剂盒内的转座酶检测开放染色质区域,并生成可立即测序的NGS文库。

分析和可视化软件

数据分析流程

数据可视化软件

世界级的技术支持和客户支持

您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。

工作流程

  1. 1Step 1

    样本制备

    从分离自细胞培养物、原代细胞、新鲜或冷冻组织的细胞核悬液开始。

    CHROMIUM细胞核分离试剂盒

    对于许多冻存的哺乳动物组织,Chromium细胞核分离试剂盒提供了一体化的试剂盒,用于简便而可靠的细胞核分离,专为10x Genomics单细胞ATAC分析而优化。

    资源
  2. 2Step 2

    文库构建

    利用我们的试剂盒和兼容的Chromium仪器构建带有条形码的10x文库。Chromium仪器家族的每个成员将每个带有10x条形码的凝胶珠的细胞封装在单个液滴中。在每个纳升级的液滴中,细胞经过逆转录生成cDNA,其中单个细胞的所有cDNA都带有共同的10x条形码。

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  3. 3Step 3

    测序

    第2步所生成的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准短读长NGS测序兼容,能够实现数千个单细胞的大规模转录分析。

    资源
  4. 4Step 4

    数据分析

    我们的Cell Ranger ATAC分析软件会为每个细胞生成开放的染色质图谱,识别具有相似图谱和检出峰的细胞簇,并可以汇总来自多个样本的数据。

    分析流程输出

    输出内容包括质量控制信息和文件,这些都可以在我们的Loupe可视化软件或第三方的R工具或Python工具中轻松地进行进一步分析。

    资源
  5. 5Step 5

    数据可视化

    利用我们的Loupe Browser可视化软件,您可以交互式地探索实验结果,研究目的基因的表达模式,确定细胞类型,并开展细胞簇和样本之间的比较分析。

    只有生物信息专家才能使用吗?

    Loupe是点选式软件,任何人都可以轻松下载和使用。

    资源

常见问题

它能够以单细胞分辨率分析开放染色质景观。

可以,需要使用第三方工具。如果想了解更多信息,请观看我们的在线研讨会。

多模态单细胞数据的整合分析

需要以细胞核悬液作为起始。您可以从新鲜和冻存细胞、新鲜组织和冷冻组织中获得高质量的细胞核悬液。Chromium细胞核分离试剂盒适用于从各种冻存组织中生成高质量的细胞核悬液,所需的优化非常少。

此分析已针对人类和小鼠样品进行优化,也可能适用于其他物种。

来自细胞系的大量细胞ATAC-seq和单细胞ATAC-seq的比较结果表明,单细胞ATAC-seq回收的峰占大量细胞ATAC-seq的90%以上。单细胞ATAC-seq还具有从特定细胞类型的水平查看染色质图谱的分辨率。

ATAC-seq能够捕获所有的开放染色质区域,而不仅仅是那些与特定因子结合的区域。这是一种无偏的方法,能够寻找样本内的表观遗传变化。对于具有已知序列结合基序的蛋白质,附带的软件可以逐个细胞地识别在开放染色质中富集的那些基序。

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单细胞ATAC

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单细胞基因表达

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单细胞多组学ATAC + 基因表达

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性能

  • 通过开放染色质分析进行表观基因组学研究
  • 3’转录组基因在组织中的表达
  • 多样本混合检测
  • 在同一个单细胞核中进行转录组和开放染色质的联合分析

扩展应用

  • 细胞表面蛋白
  • CRISPR筛选
  • 多样本混合检测

仪器

  • Chromium X系列单细胞系统
  • Chromium Controller
Single Cell Gene Expression

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